Neurovascular Network Explorer 2.0: A Simple Tool for Exploring and Sharing a Database of Optogenetically-evoked Vasomotion in Mouse Cortex In Vivo

ССВ-2.0 і асоційованих бази даних служать для перегляду і перегляду даних в базі даних, сортувати дані, засновані на критеріях відбору, скачати вибрані дані і знайти судинної вимірювань протягом відповідного судинної дерева.

Група 1 має вибір даних, засновані на категоріях: «Корковой глибина», «Порядок розгалуження», «Базовий діаметр» і «Теми» - Малюнок 1). Будь ласка, зверніть увагу, що в цьому дослідженні, ніяких записів для поверхні артеріол ( «поверхні») «Порядок розгалуження» вибір категорії. Якщо вибрати цю опцію,, «Не знайдено записів - Пошук занадто обмежувальний» діалогове вікно з попередженням з'являється і користувачеві пропонується вибрати інший варіант. Це ж попередження з'явиться при наявності вимірювання, які не задовольняють обраним критеріям групи 1. У цьому випадку користувач повинен закрити панель 1, натиснувши [x] і перезапустити програму.

Всі зміни діаметра час курси виконує критерії, обраний в групі 1 можна переглянути в панелі 2 (рис. 2). Користувач може вивчити всі індивідуальні, час курси, час група-в середньому кортикального шару глибиною або порядок розгалуження і відповідні значення «Час початку», «Пік амплітуди», «Час пік» і «Базовий діаметр» друк як функції глибини. Користувач вибирає один раз курс з графа індивідуального часу курси і досліджує форму кривої, а також відповідні чисельні характеристики в точкові ділянки.

Всі дані, отримані в тому ж дереві тварин або артеріол можуть бути вивчені в Група 3 (рис. 3). Таким же чином як і група 2 користувач вибирає один раз курс з графа індивідуального часу курси і досліджує форму кривої, а також відповідні чисельні характеристики в точкові ділянки. При бажанні користувач може експортувати всі дані з групи 3 в форматі «xls», «csv» і «.mat». Ці файли створюються або перезаписані кожен раз, коли заходи «Експорт». Перед перезаписом файлів, діалогове вікно з попередженням «збирається переписати vdb_subset.xls» вискакує користувачеві для перейменування раніше експортовані результати. Користувачеві слід переконатися, що жоден з експортованих файлів відкриті під час акції «Експорт». Якщо один з файлів відкрито діалогове вікно з попередженням 'Помилка експорту файлу Excel: Переконайтеся, що vdb_subset.xls не відкритий' буде відображатися. У цьому випадку користувач повинен закрити експортований файл і перезапустіть Північний 2.0.

Всі дані, отримані в рамках єдиного дерева артеріол можуть бути вивчені в контексті 3D судинну в групі 4 (рис. 4). Вибір часу курс буде автоматично відображати пов'язані еталонний образ і стека 3D зображень, які завантажуються з папки «hana_refs» і «hana_stk», відповідно. Виміряної судно виділяється в його вихідний образ з червоний напівпрозорий прямокутник в середині зображення. Шляхи сканування позначений як червона лінія перетину виміряних судна. Якщо більше судів перевіряються протягом одного виміру (червона лінія перетинає кілька судів - рис. 4), користувачеві необхідно враховувати порядок розгалуження в «vdb.mat» або відображатися в GUI на вершині на графіку час курси ( «B. порядок») щоб зрозуміти які перевірки належить особливий вимір. Розгалуження порядок "0" етикетки Дайвінг стовбури, '1' етикетки філії підключені безпосередньо до Дайвінг стовбури, '2' етикетки філій безпосередньо підключені до 1st порядок гілки і т.д. Щоб визначити відповідні артеріол дерево починаючи з дайвінг протівовоспалі на поверхні мозку (бачив в кращих зображень 3D стека), користувач повинен послатися низький масштаб карти, зберігаються в папці «карти». Ця карта є унікальним для кожної тварини предмета і може бути розташований, використовуючи ідентифікатор відповідного питання (наприклад, «022014.jpg»). Ця карта є зображення весь мозок впливу з поверхні судинну. Дайвінг сегментів виміряних артеріол помічені з дерева ідентифікатори ( «дерево-ID») (рис. 5). Користувач може експортувати один обраного часу курс разом з інформацією про відповідну посиланням зображення, 3D стека і положення вимірювання всередині стека в «ref_stacks_trace.xls». Аналогічним чином що стосується «Експорт» в групі 3, «ref_stacks_trace.xls» повинні бути закриті до прийняття «Експорт». Той же тип попередження діалоги будуть відображатися перед перезаписом експортований файл, або коли файл відкритий під час акції «Експорт». Будь ласка, зверніть увагу, що якщо є відсутнє посилання зображення для обраної бази даних записи (9 записів в цілому), попередження 'не знайдено посилання зображення: індекс =' буде відображатися замість зображення посилання в панелі 4. Експорт недоступний для цих записів, і користувачеві буде запропоновано вибрати інший курс. Якщо користувач вибирає елемент, для якого укладають 3D не існує або НЕ опорний кадр стека зображень був знайдений (31 і 52 записів, відповідно) записка * немає СТЕКА матч * буде відображатися поверх пусте зображення замість стека 3D зображення в панелі 4.

Малюнок 1: Група 1 (основні групи) служить для вибору підмножини даних, заснованих на вибір категорій. У шести графіків в лівому стовпчику відображаються всі дані з «vdb.mat». Правій колонці дозволяє користувачеві вибрати підмножину даних, вибравши корковою глибина | Порядок розгалуження | Базовий діаметр | Теми. Будь ласка, натисніть тут, щоб подивитися велику версію цієї фігури.

Малюнок 2: Група 2 дозволяє вивчення обраного підмножини даних і подальшого вдосконалення відбору. Правій колонці пропонує для обчислення середнього обраних даних, засновані на категоріях глибини або розгалуження порядку (фактичний вибір підсвічується зеленим кольором). Лівий стовпець відображає дані, виконуючи критерії відбору в групі 1 і середній тип, обраний в правій колонці. Користувач може вибрати час курс в верхній лівий графік (хрест курсор) який отримує виділену (пурпурний). Відповідні дату початку та пік, пік амплітуди і базовий діаметр кружляв в червоний колір і ідентифікатори записів відображаються в правій колонці внизу. Товсті червоні точки в точкові ділянки Марк середні значення для підмножини фактичних даних. Вибір «всіх даних для дерева» проти «всі дані для будь ласка» впливає на дані в наступні панелі. Будь ласка, натисніть тут, щоб подивитися велику версію цієї фігури.

Малюнок 3: панель 3 дозволяє вивчати кінцеве підмножина даних і їх експорт. Користувач може вибрати (хрест курсор) -курс в графі верхній частині лівої колонки. Обраний слід отримує виділену (пурпурний) і запис метаданих відображається на верхній частині графа. Одночасно початку відповідного і пік, а також пік амплітуди і базових діаметри відображаються на графіках нижче. ЕКСПОРТУВАТИ встановити кнопку в правій колонці дозволяє експортувати весь час курси з топ графа. Середній час курс будується в густий чорний. Будь ласка, натисніть тут, щоб подивитися велику версію цієї фігури.

Малюнок 4: Група 4 дозволяє локалізації діаметр вимірювання в межах еталонний образ і 3D стек судинну. Час курси ділянку верхньої частини лівої колонки ідентичний з часом курси сюжет в групі 3. Користувач може вибрати індивідуальний час курси з верхньої графа в лівій колонці. Відповідне зображення посилання відображається внизу праворуч разом з відомостями про метаданих: «Ref. зображення »(ім'я образу посилання),« Глибина »(коркових глибина вимірювання) і« Масштаб »(масштаб зображення в мкм на піксель). Відповідні 3D стека відображається внизу зліва поряд з описові метадані: «Індекс стека» (фактичне зображення номер в стеці), «Дельта» (вертикальна відстань від верхнього зображення), «Пропозиція» (зображення номер в стеці, який відповідає еталонний образ і захоплює місце вимірювання) і «масштаб» (масштаб зображення в мкм на піксель). Будь ласка, зверніть увагу, що глибина поверх вихідного образу був введений вручну в ході експерименту і приблизне. Він не відповідає точно значення «Дельта» рівня кадру пакету зображень з тим, що поверхня мозку нахилений відносно площини зображення. Будь ласка, натисніть тут, щоб подивитися велику версію цієї фігури.

Малюнок 5: низький збільшення карта поверхні судинну. Зображення захоплює піддаються мозку регіоні з надводних кораблів. Дайвінг сегментів виміряних артеріол дерев помічені з дерева ідентифікатори ( «дерево ID»). Ці карти будуть збережені в папці «карти» в папці, де Північний 2.0 виконується з. Будь ласка, натисніть тут, щоб подивитися велику версію цієї фігури.